شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه علیه فساد اداری طی فرمان شماره 94 مقام عالی ریاست جمهوری به تاریخ 27/5/1395 ایجاد شد. این شورا در راستای تعهدات حکومت و تحقق حاکمیت قانون، مبارزه علیه فساد اداری و پاسخگویی بهتر به نیازهای جامعه به‌وجود آمده است. شورای عالی حاکمیت قانون که به ریاست جلالتمآب رییس جمهور ایجاد شده است، متشکل از مقامات عالی رتبه حکومتی، ستره محکمه و وزارت‌ های کلیدی است که از 5 کمیته تشکیل یافته است. که کمیته قوانین و کمیته عدلی و قضایی تحت ریاست جلالتمآب معاون دوم ریاست جمهوری و کمیته مبارزه علیه فساد اداری به ریاست محترم لوی څارنوالکشور می‌باشد.  کمیته سکتور خصوصی و کمیته حکومتداری محلی در کابینه تصویب شده اما هنوز در مورد ریاست این دو کمیته، مقام عالی ریاست جمهوری فرمان را صادر ننموده است.

بر اساس فرمان مقام عالی ریاست جمهوری، شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه علیه فساد اداری اهداف، 1) اصلاح و تقویت نظام عدلی و قضایی مبتنی بر حاکمیت قانون، رعایت حقوق بشر و دسترسی به عدالت، 2) اصلاح قوانین و سایر اسناد تقنینی در راستای اهداف دولت جمهوری اسلامی افغانستان و 3) مبارزه مؤثر، قاطع و همه جانبه علیه انواع فساد اداری، را دنبال و اجرایی می سازد.

شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه علیه فساد اداری جهت تقویت و انسجام بهتر امور مربوطه خویش، سکرتریت ویژه مبارزه با فساد اداری را در چوکات معاونیت پالیسی، نظارت و بررسی ریاست عمومی دفتر مقام عالی ریاست جمهوری به تاریخ 16 جدی 1396 ایجاد نمود. این سکرتریت، متشکل از یک گروه متخصص در 5 بخش نظارت از وزارت ها/ادارات کلیدی، عایداتی و مصرفی، محوری، تصامیم خاص شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه با فساد اداری، ارتباطات و بررسی و ارزیابی فعالیت دارند.

سکرتریت ویژه، مطابق استراتیژی ملی مبارزه علیه فساد اداری، به شکل ربع وار، از تطبیق استراتیژی ملی مبارزه علیه فساد اداری از وزارت ها/ادارات دولتی گزارش دریافت نموده و گزارش های توحیدی را سال چهار بار از طریق جلسات شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه علیه فساد اداری به جلالتمآب رئیس جمهور جمهوری اسلامی افغانستان ارائه می کند.

شورای عالی حاکمیت قانون و مبارزه علیه فساد اداری از زمان ایجاد آن تا اکنون، تعداد 27 جلسه عادی و دو جلسه فوق العاده را دایر نموده است که 8 جلسه عادی و یک جلسه فوق العاده آن در سال 1397 دایر شده است.